La sous-direction du contentieux est responsable de l'ensemble du contentieux du ministère tant devant les juridictions administrative que judiciaire. Elle traite, à ce titre, de litiges portant sur des domaines aussi divers que les statuts des personnels civils et militaires, les marchés et contrats, les pensions de retraite et d'invalidité, le droit immobilier, la propriété intellectuelle, la fiscalité...

La sous-direction assure également le règlement des dommages causés ou subis par les armées, la gendarmerie et l'ensemble des services du ministère que ce soit sur le territoire français, en métropole ou outre-mer, ou à l'étranger. A cette fin elle anime et coordonne l'activité des bureaux du contentieux qui relayent son action sur le plan local.

Elle a également en charge la protection juridique des agents, civils ou militaires, lorsque ceux-ci sont impliqués dans des procédures judiciaires à l'occasion de faits commis dans le cadre du service.